Петро Конашевич був непересічним політиком та дипломатом, котрий будував довгострокові дипломатичні комбінації як в межах України так і закордоном. Свою політичну лінію він проводив наполегливо та безумовно, при цьому чітко висловлював свою позицію щодо короля Речі Посполитої та шляхти. Український історик Михайло Грушевський вказував, що сучасники дуже високо оцінювали політичний талант Сагайдачного та визнавали загальноукраїнське значення його діяльності. Саме за його часів козацтво вийшло за вузько станові інтереси, долучилось до вирішення проблем українського населення, зформувало свою політичну програму. Утворилась спілка українського козацтва, міщанства й духовенства. Завдяки результативній політиці Сагайдачного в цей час відбулось активне формування національної української спільноти з її чітко вираженими географічними кордонами. Сагайдачний перетворив Київ на політичний осередок України та залучив його в орбіту майбутньої нової Української козацької держави.
Будучи гетьманом, виражав інтереси національно-патріотичних сил та активно виступав проти чужоземного панування на українських землях. Підтримуючи прагнення українського народу до більшої політичної самостійності, Сагайдачний домагався автономії України, досягнення для неї широких прав у складі Речі Посполитої, підтримував концепцію, згідно якої українці розглядались як третій рівноправний із польським та литовським народ Речі Посполитої. При цьому стверджувалась історична та національна єдність мешканців територій, історично пов'язаних із Київським та Галицько-Волинським князівствами княжої доби.
Сагайдачний виступав палким поборником та захисником православ'я, яке після Брестської Унії 1596 року було оголошено поза законом. Значна частина цивільного українського населення та православного духовенства виступили проти унії, що призвело до соціальної, політичної та ідеологічної конфронтації, яка досягла особливої гостроти в перші десятиріччя XVII ст. Ще під час навчання в академії Петро Сагайдачний зайняв позицію неприйняття унії. В умовах посилення національно-релігійного гноблення українського народу переконав козаків підтримати православну церкву та разом з усім Військом Запорозьким вступив до Київського братства. Ця публічна акція продемонструвала солідарність запорожців із православним духовенством та була виявом підтримки та захисту, що оберігав його від репресій влади Речі Посполитої. Саме завдяки активній підтримці та гарантіям Сагайдачного Єрусалимський патріарх Теофан III відновив знищену унією православну ієрархію. Підтримка запорожцями православного духовенства сприяла розвитку української культури, а також стала важливим чинником подальшої національно-визвольної революції під проводом Богдана Хмельницького.
У переговорах із владою Речі Посполитої Сагайдачний домагався розширення козацького реєстру, вимагав легалізувати й офіційно визнати козацьку військову та політичну організацію, розширити козацькі права та вивести війська Речі Посполитої з України. Одночасно підтримував історичне явище «покозачення», коли українські селяни відмовлялись від феодальної повинності та залучались до Війська Запорозького. Цей процес дозволяв розширювати територію козацької України, оскільки населення приймало та запроваджувало козацькі порядки.
У зовнішній політиці Конашевич дотримувався вираженої антиосманської орієнтації. Під його проводом запорозькі козаки здійснювали активну протидію османам і татарам, що призупинила європейську експансію Османської імперії. Завдяки його діяльності утвердилося бачення запорозького козацтва як «щита» християнського світу проти невірних. Сагайдачний проводив активні дипломатичні переговори для пошуку союзників у боротьбі проти османів, зокрема, із перським шахом Аббасом I Великим та герцогом Карлом Ґонзаґа де Невера, одним із засновників Ліги християнської міліції, до якої належали Папа Римський, німецький імператор, королі Іспанії, Англії, Речі Посполитої та Франції. Разом з тим, очолюючи реєстрове козацтво, яке перебувало на службі уряду Речі Посполитої, Петро Сагайдачний був змушений відстоювати інтереси Речі Посполитої. Він підтримав позицію Речі Посполитої та взяв участь у поході королевича Владислава під час боротьби за московський престол. Одночасно, деякі дослідники пояснюють пасивну участь Сагайдачного під час штурму Москви небажанням надто великого посилення Речі Посполитої. У битві під Хотином військо Сагайдачного підтримало короля та врятувало Річ Посполиту від політичної катастрофи.
